办理商铺房产证需要准备的材料清单包括：房屋所有权登记申请书、申请人身份证明及委托书，还需提交国有土地使用权证书、建设工程规划许可证正副本、施工许可证正副本、开工计划或政府批文、规划验收合格证、竣工验收备案证及竣工验收备案表、房地产开发企业营业执照及资格证书、自然人建房质量承诺书和审计报告。其中，第九条要求申请人填写登记申请书，并提交身份证明以及相关申请材料。申请材料应当提供原件。因特殊情况不能提供原件的，可以提供复印件，复印件应当与原件保持一致。

商铺房产证的办理流程分为多个步骤：首先是开发商办理初始登记，这是办理房产证的前提条件。根据《商品房销售管理办法》第34条的规定，房地产开发企业应在商品房交付使用之日起60日内，将其所需材料报送房屋所在地房地产行政主管部门。其次是填写申请表，申请表填写完毕后需开发商签字盖章。填写好的申请表需请开发商审核并盖章。接下来是领取会测图/表，随后领取相关证件，包括购房合同、房屋结算单、大房产证复印件等。缴纳公共维修金、契税、土地增值税、所得税、印花税和房屋产权登记费，以及房屋交易手续费。对于满五年的情况，需缴纳交易过户费5元/平方米。

按照规定时间领取房产证，一定要保存好管理部门给的领取证书的通知书，并按照上面通知的时间领取房产证。商铺房产证的办理费用包括契税（按房屋交易额5%缴纳，由买方承担）、土地增值税（按房屋交易额1%缴纳，由卖方承担）、所得税（按房屋交易额1%或房屋现值-房屋原值差额20%缴纳，由卖方承担）、印花税（按房屋交易额万分之十缴纳，买卖双方各承担一半）、房屋产权登记费（550.00元，由买方承担）、房屋交易手续费（按房屋交易额1.9%缴纳，买卖双方各承担一半），以及满五年需缴纳的交易过户费5元/平方米。